Porażone mikotoksynami mogą być zarówno kiszonki z kukurydzy jaki i kiszone ziarno tego zboża. Wtórne metabolity grzybów są bardzo niebezpieczne dla zdrowia bydła. Wpływają one negatywnie m.in. na wyniki produkcji i rozród.

Niebezpieczne grzyby mogą porazić kukurydzę zarówno na polu, jak i podczas kiszenia materiału. Metabolity pleśni są szkodliwe dla bydła, powodując min. problemy z rozrodem. Jedną z najpopularniejszych mikotoksyn w kiszonce z kukurydzy jest zearalenon. Produkują go grzyby z rodzaju Fusarium, które porażają kukurydzą w czasie wegetacji rośliny. Proces kiszenia nie unieszkodliwia toksyny. Zearalenon przekształcany jest w żwaczu na alfa-zearalenon oraz beta-zearalenon.

Pierwszy z produktów degradacji toksyny, jest mikostrogenem. Oznacza to, że wykazuje powinowactwo do receptorów estrogenowych w układzie rozrodczym samicy. Jego działanie jest kilkukrotnie silniejsze, niż hormonów produkowanych przez organizm krowy. Skutkami oddziaływania alfa-zearalenonu na samicę mogą być zaburzenia cyklu rujowego, owulacji oraz implantacji i rozwoju zarodków. Beta-zearalenon wykazuje toksyczne działanie, uszkadzając błony śluzowe macicy.

Do pleśni rozwijających się już podczas magazynowania kiszonki, należy zaliczyć Penicillium roqueforti. Zakażenie tym grzybem, można łatwo zidentyfikować po obecności niebieskich placy w zakiszanym materiale. Wytwarzane przez niego mikotoksyny wpływają negatywnie na rozród bydła. Grzyb ten potrafi rozwijać się w środowisku o niskim stężeniu tlenu, dlatego pojawia się gdy tylko dojdzie do jakichkolwiek nieprawidłowości przy kiszeniu.